Va sortir l'any 2007 per l'exitosa consola portàtil Nintendo DS. La història passa desprès dels fets de The Wind Waker. Quan viatjen en el barco pirata, Link i Tetra, troben un barco fantasma. Tetra va pujar al barco desconegut, i després, Link, escolta un crit de Tetra, Link intenta seguirla, pero es rellisca i cau en el mar i després arriba a la riba de una illa i el desperta Ciela, una fada. Link troba el rellotge espectral, i coneix a un home gran que es diu Oshus, que vol ajudar a Link a trobar el barco fantasna per a rescatar a Tetra. Link, aconsegueix l'ajuda del capità Linebeck que té un barco.