Va sortir l'any 2009 per a la consola Nintendo DS. Spirit tracks és la continuació de Phantom Hourglass, on Link va en busca de un nou Hyrule. En aquesta ocasió, Link, és un aprenent de conductor de ferrocarils. Durant una cerimònia a fora del castell de Hyrule, que habia que entregar-li a Link el títol de "Maquinista reial". Zelda acompanya a Link per resoldre el misteri de la desaparició de ferrocarrils espirituals. Al sortir del castell, Link es troba amb Bigboy, el mestre que l'ha entrenat per ser Maquinista reial. Mentres estásn en el tren, les víes començen a desaparèixer. Després d'un impacte del tren, el primer ministre derrota a cada un dels protagonistes, mentr que desvela el seu malèfic pla. Link i Zelda, viatjen per tot hyrule: la regió del bosc, la del mar, la de la neu, la del foc i la del desert.